Cayó muerto en algún lugar del departamento de Cauca, en la selva colombiana. El Gobierno de Santos celebró el mayor golpe militar contra el grupo insurgente en casi 50 años. Según el Gobierno, Cano cayó en un enfrentamiento terrestre y no en un bombardeo. En el ataque murió también, su operador de radio, su compañera sentimental, y otro militante de las FARC. El Ejército informó que Alfonso Cano estaba siendo rastreado por un avión de plataforma desde hace 60 días, y así descubrieron que se movilizaba desde el departamento de Tolima (centro-occidente), hacia el Cauca. El cadáver de Cano fue trasladado a la ciudad de Popayán, capital del departamento del Cauca. Ya en agosto, el director de la Policía de Colombia, Óscar Naranjo , afirmó que le estaban "pisando los talones" y tenían "corriendo" a Cano. Para el funcionario, el guerrillero terminaría, tarde o temprano, "capturado, abatido o asesinado por sus compañeros"...
Alfonso Cano, cuyo nombre real es Guillermo León Sáenz Vargas, asumió la jefatura del secretariado de las FARC tras la muerte en marzo de 2008 del líder histórico de la organización guerrillera, Pedro Antonio Marín, alias Manuel Marulanda o Tirofijo. Cano se convirtió en el guerrillero más importante que muere en combate en toda la historia de la lucha de las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia (FARC). El conflicto interno comenzó hace más de 45 años. La desaparición del comandante rebelde, de 63 años, se constituye en un nuevo golpe militar y político para las FARC, que en los últimos años perdió a varios de sus dirigentes en medio de una ofensiva de las Fuerzas Armadas colombianas apoyadas por Estados Unidos.
El Ministro de Defensa confirmó la noticia: A la medianoche del viernes, el Ministro de Defensa, Juan Carlos Pinzón, dio a conocer que en la ofensiva que terminó con la vida de Cano "fueron capturados el Indio Efraín, jefe de seguridad de Alfonso Cano, y tres miembros de la seguridad". El funcionario también señaló que, como resultados operacionales, en el campamento se incautaron computadores, memorias USB, discos duros y armas. "En esta importante operación, en esta demostración de ofensiva de nuestras fuerzas militares y de policía fueron obtenidos 7 computadores, cerca de 39 usb, 24 discos duros, una ametralladora punto 50, una ametralladora M-60, y múltiple material que fue encontrado; fue hallado dinero en efectivo: 194 millones de pesos, así como en dólares, euros y otras monedas de distintas denominaciones", señaló el ministro. El ministro de Defensa no dudó en afirmar que "la muerte de alias Alfonso Cano es el golpe más importante de la historia, que han dado los miembros de nuestras fuerzas militares y nuestra Policía militar en contra de las FARC".